英明用酷刑要玄真交出南少林藏宝图,云明不忍看师傅受苦亲手杀了玄真。
赵大宏给师傅三德抓药被温庭玉抓到,得知南少林已被云明等日本人强占,温庭玉虽爱财却发誓不让日本人占去宝藏。
白泰官不满日本人所作所为欲退出,和卓灵一起被云明禁在南少林。
南少林三十六房第30集剧情介绍曹太虚和吕四娘来到南少林被擒,发现南少林被日本人占据,温荣玉也与日本人为伍。藏宝图被搜出,云明、英明和温荣玉研究藏宝图,怀疑三十六房内的藏书和四娘的木鞘剑可能与宝藏有关。
深夜,温荣玉来到石雕处想找玄机,被英明与云明当场活捉。云明要娶四娘为妻被拒绝大怒,他强迫与四娘成亲之际,逃出的白泰官、曹太虚和卓灵杀入,曹太虚以取自忍者身上的雷火弹作掩护救 走四娘。
英明、云明等人一路追杀,四娘与白泰官帮助卓灵与曹太虚逃脱,白泰官惨死四娘被抓。卓灵与曹太虚与方世玉等人相聚,方世玉得知吕四娘被囚禁在南少林孤身前往。
南少林三十六房第31集剧情介绍曹太虚、卓灵、赵大宏也赶去,方世玉打败英明救下四娘。英明、云明假装退走,想等方世玉等人找到宝藏后坐享其成。
方世玉等人苦苦研究藏宝图,只差一念即可破解宝藏之迷,乾隆派人监视南少林,了解到日本人正往南少林增援后,命索额图调兵南少林以备不测。
南少林三十六房第32集剧情介绍(大结局)大宏与卓灵打闹无意中发现玄机,宝藏机关终于打开,云明、英明率忍者出现双方大战,乾隆也率士兵杀到。
英明、云明发现根本无宝,方世玉追入三人再战,英明、云明不敌,加上多年心机白费,气愤之下剖腹自杀。
乾隆随后进入,发现雍正遗下石碑,碑文讲述宝藏己在早年由雍正发掘搬入国库,此举是为了引蛇出洞,好一举奸灭倭寇。
乾隆要将方世玉和吕四娘杀死,方世玉以闪灵剑挟持,经过方世玉、吕四娘劝说与暗示,乾隆答应放两人一马,两人决定到大西北隐居。